Eqils Levits 1955-ci il iyun ayının 30-da Riqa şəhərində yəhudi-latış ailəsində anadan olub. Onun atası yəhudi əsilli mühəndis Yonas Levits, anası isə latış əsilli müğənni İnqeborqa Levitadır. 1972-ci ildə Levits ailəsi Latviyadan Almaniyaya emiqrasiya olunur. Ailə 1990-cı ildə Latviyanın dövlət müstəqilliyini bərpa etməsindən sonra Latviyaya qayıdıb.
Eqils Levits Hamburq Universitetini hüquq ixtisası üzrə bitirib.