Buna baxmayaraq 2 il sonra üçüncü dəfə şeyxülislam seçilən Əbu Səid Əfəndi yenə dövlət idarəsinə qarışmağa başladı. SədrəzəmQoca Dərviş Paşanın vəzifədən alınıb yerinə İbşir Mustafa Paşanın gətirilməsində önəmli rol oyasa da, bu hərəkəti onun vəzifədən getməsinə səbəb oldu. İbşir Mustafa Paşaya qarşı çıxan üsyan əsnasında sədrəzəmlə birlikdə şeyxülislam Əbu Səid Əfəndinin də kəlləsi istənilirdi. Bu əsnada üsyançılar şeyxülislamın köşkünə hücum edib, ulu babası Həsən Can dövründən toplanan bütün ailə xəzinəsini talan etdilər. Çətin vəziyyətdə qalan IV Mehmedİbşir Mustafa Paşanı üsyançılara təslim etsə də, üləmaların etirazı ilə şeyxülislamın canını bağışladı və vəzifədən azad edərək Çanaqqalaya sürgün etdi. Bir müddət sonra paytaxta geri çağırılsa da, ömrü buna icazə vermədi. 1662-ci ili iyun ayında vəfat etdi. Cənazəsi Əyyub Sultan məscidindəki ailə məzarlığına dəfn olunmuşdur.